Az alapanyag- és területi korlátok miatt a jelenlegi technológiát kiváltó, az úgynevezett második generációs bioetanol-előállítással lehet a kitűzött célokat elérni.
A pillanatnyilag még kísérleti fázisban tartó második generációs gyártási technológia lényege, hogy nem keményítőből, hanem cellulózból állítanak elő bioetanolt. Kutatási feladat a szántóföldi növénytermesztés és az erdőgazdálkodás „melléktermékeinek” (cellulóz, illetve ligno-cellulóz) enzimes hidrolízise hatékonyságának növelése fizikai kezeléssel (pl. mikrohullámmal).
További kísérleti terveink között szerepel egy fél üzemi méretű mikrohullámú kezelő berendezés kifejlesztése, amelyben a korábban kidolgozott homogén hő-, és térerőeloszlású mikrohullámú teret kívánjuk megvalósítani.
A bioetanol-gyártás gyakran kritizált energiamérlege kapcsán szükséges egy olyan energiamérleg modell kidolgozása, amely a bioetanol előállítása során alkalmazott különböző technológiákat is figyelembe veszi, lehetőséget biztosít alternatív megoldások elemzésére. Ennek segítségével a különböző gyártási folyamatok (első vagy második generációs technológia, melléktermék takarmányozási vagy energetikai felhasználása, stb.) összehasonlíthatóvá válnak.
A cellulóz alapú bioetanol előállítás egyik kritikus pontja a melléktermék (DDG) hasznosítása. A DDG takarmányként, ill. takarmány kiegészítőként történő felhasználása jelentős mértékben befolyásolja az alkoholgyártás gazdaságosságát.
